提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
纪念苏东坡诞辰986周年 海南儋州隆重举办“寿苏会”******
2023年1月10日(农历壬寅年腊月十九日),是苏东坡诞辰986周年纪念日。当日,在海南儋州东坡书院、海花岛苏东坡艺术馆,成功举办了苏东坡诞辰986年尊师祭礼活动。
据悉,海南儋州 986 “寿苏会”是在儋州市政府的鼓励和支持下,由儋州市旅游和文化广电体育局、儋州市教育局、儋州市文学艺术界联合会指导,海南省苏学研究会、海花岛旅游度假区、儋州市东坡书院管理处、儋州市东坡文化研究会、儋州市苏东坡历史文化艺术馆等单位联合主办。
东坡书院尊师祭礼活动
活动当天举行了“东坡书院祭礼仪式”、“东坡书院雕像群揭幕仪式”、“中和镇桄榔庵考古遗址现场祭礼缅怀”、“海花岛东坡广场 986 苏东坡寿辰祭礼综艺活动”、“东坡家风家教文化交流雅集”等活动。
本次活动,将通过传统与现代的结合,增添了苏东坡居儋功业数字藏品的发布,原创东坡词曲的演绎等,让东坡文化走进现代人的生活,使大家都能学习感受东坡家风家教,仁义谦恭,奉献精神。
海花岛东坡广场文人雅集献礼东坡
近年来,儋州市弘扬东坡文化,挖掘东坡居儋文化资源,讲好东坡故事,打造城市名片,以推动东坡文化创造性转化、创新性发展,促进文化与旅游融合发展,通过成果转化服务经济建设,为海南自贸港建设提供文化动力。
据了解,首届中国(海南)东坡文化旅游大会将于2023年2月中下旬举办。儋州市也将推出东坡文化古迹研学游线路。 (仲昌)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)